Наличие на сайте WC тут вообще не играет роли. Если конечно, Вы позаботитесь о защите. Сайт с WC защищен ровно настолько, насколько Вы сами об этом позаботитесь. С другой стороны, если очень надо будет, то взломают любой сайт, на WP или Джумле, с каталогом или без...
Что касается каталога и WC...